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Trama Aquarion: La Terra risulta devastata da una catastrofe, denominata la “Grande Catastrofe”, avvenuta undici anni prima, che distrusse una parte significativa del mondo ed uccise numerosi abitanti. La catastrofe fu accompagnata dallo scioglimento dei ghiacciai che ha riportato alla superficie Atlandia e con essa i suoi abitanti, gli Angeli delle Tenebre, una specie alata che era rimasta latente per 12.000 anni. Lo scopo di queste creature è quello di rapire gli esseri umani, chiamati con disprezzo Esseri senza ali, al fine di estrarne il prana, la loro bioenergia, indispensabile per la sopravvivenza ed il sostentamento degli Angeli delle Tenebre.

La popolazione mondiale si trova così a dover subire continui attacchi da parte delle Bestie mietitrici, ovvero enormi esseri capaci di catturare con estrema facilità gli esseri umani. Queste particolari macchine sono spesso accompagnate da giganteschi robot, chiamati Soldati Cherubim.

Contro questo potente nemico le armi convenzionali sono del tutto inefficaci, spetta quindi alla DEAVA, sotto il comando di Gen Fudou, proteggere l’umanità intera. La DEAVA grazie all’utilizzo degli ultimi ritrovati tecnologici e, soprattutto, alle Vector Machine ritrovate sul fondo dell’oceano, funge così da ultimo baluardo degli uomini.

I tre Vector, chiamati Vector Luna, Vector Mars e Vector Sol, sono in grado di unirsi dando origine all’Angelo Meccanico Aquarion, un gigantesco robot. I Vector possono ricoprire il ruolo di testa (e torso), del tronco (e dorso) o delle gambe del robot.

Verso la metà della serie fanno la propria comparsa anche i Vector da assalto, nati dalla collaborazione fra la DEAVA e le Nuove Nazioni Unite. Questi Vector, caratterizzati dal colore nero, hanno la stessa struttura base dei Vector originali, ma, a differenza di questi, quando si fondono nell’Aquarion sono equipaggiati con armi da fuoco (cannoni e missili), invece che con armi tradizionali (spada o arco). I Vector da assalto prendono il nome di Vector Alpha (corrispondente al Vector Sol), Vector Delta (corrispondente al Vector Luna) e Vector Omega (corrispondente al Vector Mars).