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Area 88 si svolge a cavallo fra la fine degli anni settanta e l’inizio degli anni ottanta ed è principalmente ambientato in una immaginaria nazione del Medio Oriente, chiamata Regno di Aslan, sconvolta dalla guerra. La guerra utilizza piloti mercenari, che hanno sede in una base aerea segreta nel deserto, chiamata Area 88. Il giovane pilota di linea Shin Kazama, viene ingannato affinché si arruoli nell’Area 88 dal suo collega Satoru Kanzaki, che vuole togliersi di mezzo il suo rivale in amore per la conquista del cuore della bella Ryoko Tsugumo, figlia del presidente della Yamato Airways: una sera, Satoru porta Shin in un locale facendolo bere, dopodiché gli chiede di firmare un foglio dicendogli che si trattava del permesso di uscita, ma che alla fine scoprirà essere quello per l’iscrizione ad Area 88. Per evitare il rischio di esecuzione per aver disertato l’Area 88, Shin riluttantemente diventa un pilota mercenario e decide di assolvere al suo contratto di tre anni nel regno di Aslan.