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Candy Boy segue la vita quotidiana, nonché la relazione lesbica, di due sorelle gemelle, Yukino e Kanade Sakurai, provenienti dall’isola di Hokkaidō, che traslocano insieme in una residenza per studenti a Tokyo per motivi scolastici, lasciando la sorellina Shizuku con i genitori. In seguito una studentessa del primo anno, Sakuya Kamiyama, si innamora di Kanade e inizia a perseguitarla, complice con Yukino che scambia foto della sorella in cambio di dolci e altri oggetti. Kanade nota che la relazione con sua sorella, che una volta era così intensa, inizia a sgretolarsi.