Trama Code Lyoko: Code Lyoko è la storia di sei studenti (Ulrich Stern, Jérémie Belpois, Odd della Robbia , Yumi Ishiyama, Aelita Schaeffer, William Dunbar (quest’ultimo farà parte del gruppo solo dalla 3° stagione) della scuola media francese Kadic che scoprono l’esistenza di un mondo virtuale chiamato Lyoko che,come scopriranno in seguito,è stato creato da un ex-professore d’informatica e scienze della loro scuola, Waldo Schaeffer, di cui dopo si scoprirà che è il padre di Aelita.
In seguito i quattro ragazzi si ritroveranno ad affrontare il malvagio programma multi-agente X.A.N.A., creato anch’esso dal professore per fare da guardia alla prima città, una potentissima arma da guerra creata da lui per conto della Green Phoenix, alla quale però si è poi ribellato quando a scoperto che si trattava di un progetto per devastare il mondo, creando Lyoko come arma di difesa. Ad aiutarli ci sarà anche l’unico umano abitante di Lyoko, Aelita Schaeffer, figlia del professor Schaeffer, portata sul mondo di Lyoko dal padre anni prima, per evitare che morisse in seguito ad un colpo di pistola sparato dagli uomini in nero della Green Phoenix che pedinavano il padre. Successivamente al gruppo si unirà anche un altro ragazzo di nome William che durante il suo primo viaggio su Lyoko, verrà preso in possesso da X.A.N.A e in seguito a ciò diverrà malvagio. Odd, Jérémie, Ulrich (e quando verrà virtualizzata anche Aelita) frequentano la quatrième e Yumi e William la troisième, seguendo l’ordine scolastico francese.