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La storia di base, sia nel manga che nell’anime, verte sulle due protagoniste, Kurusugawa Himeko e Himemiya Chikane, rispettive reincarnazioni delle miko (sacerdotesse) del sole e della luna. Il loro compito è quello di opporsi a Yamata no Orochi, il leggendario Drago ad otto teste che da sempre minaccia la pace sulla Terra.

La leggenda narra dell’esistenza di un tempio sulla Luna, che serve per sigillare Yamata no Orochi, un male antico che non può essere distrutto o ucciso. Ciclicamente, Yamata no Orochi si risveglia, facendo crollare su se stesso il tempio. È allora che, sulla terra, si reincarnano le due Miko del Sole e della Luna, il cui unico scopo è risvegliare con il loro potere Ama no murakumo (letteralmente, Spada del Paradiso), affinché quest’entità leggendaria imprigioni nuovamente Yamata no Orochi nel tempio lunare e dia quindi vita ad un nuovo ciclo della rinascita. Il compito di accompagnare le due Sacerdotesse durante la loro preparazione è da sempre affidato alla famiglia Ōgami.

Come Ame no Murakumo si serve delle due Sacerdotesse del Sole e della Luna per tornare in vita e potersi opporre al suo atavico nemico, così Yamata no Orochi per riuscire nel suo intento di devastazione usa Otto Shinto (in questo caso, spiriti, entità), ciascuno rappresentante una delle sue teste e ciascuno accompagnato da un robot. Nel manga, attraverso le parole di Sister Miyako – la seconda fra gli Otto Shinto – la natura di tali Robot viene accomunata a quella di vere e proprie divinità.