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Trama Macross Frontier: La serie è ambientata nell’anno 2059, 47 anni dopo la fine della serie originale, 19 anni dopo gli eventi narrati in Macross Plus e 12 anni dopo quelli narrati in Macross 7.
Narra delle avventure della 25a flotta coloniale, chiamata appunto Macross Frontier, che si sta dirigendo verso il centro della galassia, con una popolazione mista di umani e zentradi composta da circa 10 milioni di coloni. Durante una missione di ricognizione in un campo di asteroidi, un caccia viene distrutto da insettoidi meccanici alieni, veloci e potenti, chiamati Vajra. I militari della colonia e i soldati del gruppo paramilitare SMS che li accompagna con lo scopo di testare i prototipi delle nuove armi, si difendono usando i caccia ad assetto variabile, chiamati “Valkirie” e una nuova nave trasformabile, la Macross Quarter.
In questa situazione di guerra si innesta il triangolo amoroso tra Saotome Alto (un pilota 17enne ex attore di teatro Kabuki, divenuto pilota), Sheryl Nome (un’idol 17enne all’apice del successo) e Ranka Lee (studentessa 15/16enne sorella adottiva del capitano di Alto, che durante il cartone inizierà una carriera come cantante, incoraggiata dalla stessa Sheryl).
Con l’evolversi della storia si scopre che i Vajra erano già noti, avendo già attaccato 11 anni prima una delle flotte di esplorazione (la 117esima), di cui Ranka Lee e Ozma Lee erano tra i pochi superstiti. Lo stesso attacco dei Vajra nei confronti delle flotta Frontier e Galaxy appare più come una macchinazione messa in atto da altre forze, per fini inizialmente sconosciuti.