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La storia si svolge un anno prima dell’arrivo degli Zentradi sulla Terra. Macross Zero narra le cronache degli ultimi giorni della guerra tra le Nazioni Unite e l’esercito Anti-Unificazione, appena accennata nel prologo del primo episodio della prima storica serie di Macross datata 1982. Dopo essere stato abbattuto da un caccia della fazione Anti-Unificazione, il pilota Shin Kudo si ritrova nella remota isola di Mayan, dove la tecnologia è quasi inesistente. Durante il soggiorno forzato di Shin per via delle ferite riportate, la pace e la tranquillità dell’isola vengono sconvolte da una furente battaglia che vede impegnato il nuovo prototipo di caccia delle Nazioni Unite, il VF-0.