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La vicenda si svolge nell’anno 0096 U.C., tre anni dopo l’ultimo conflitto tra Neo Zeon e la Federazione Terrestre, narrato nel lungometraggio “Il Contrattacco di Char”. La storia ruota attorno alle imprese del protagonista Banagher Links a bordo del Gundam Unicorn e svela in un lungo flashback anche i retroscena della colonizzazione dello spazio all’inizio dello Universal Century.