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Monster Rancher segue la storia di un giovane ragazzo chiamato Genki Sakura il quale viene intrappolato nel mondo di Monster Rancher appena mette in prova un videogioco vinto ad un torneo. Genki incontra una grande varietà di personaggi differenti, che si uniscono a lui per riuscire a sconfiggere Moo, un’entità malefica che vuole distruggere il mondo.