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La storia ha inizio quando il popolare gioco online Yggdrasil viene silenziosamente chiuso. Il protagonista Momonga, comunque, decide di non disconnettersi e viene trasformato in un personaggio dall’aspetto scheletrico, diventando ”il mago più potente”. Il mondo del gioco intorno a lui subisce profondi cambiamenti, tanto che anche gli NPC (i personaggi non controllati da giocatori) iniziano a provare sentimenti. Momonga, ormai privo di famiglia, amici e un posto nella società decide di combattere per prendere il controllo del gioco.