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Trama Project Arms: La storia vede il protagonista Ryo Takatsuki e i ragazzi che frequentano una scuola vivere una vita tranquilla, ma appena arrivano dei nuovi compagni iniziano le prime incomprensioni e le prime sfide. Dopo che il gruppo si solidifica arrivano diversi nemici sempre più potenti fino a scoprire che i protagonisti posseggono delle qualità straordinarie, e vi sono alcuni decisi a tutto pur di ucciderli. Il loro nemico è l’organizzazione dell’Egrigori, che aveva in passato creato tutte le Arms. I ragazzi comprendono che fino a quando esiste tale organizzazione non potranno mai vivere la vita normale di prima, e decidono così di combatterla.