Numero episodi: ???

Ayato Kamina, liceale di 17 anni, vive la quotidianetà all’interno di Tokyo Jupiter, ignaro del mondo che lo circonda, dato che a scuola gli è stato insegnato che il mondo, ad eccetto di Tokyo, è stato totalmente distrutto. Tutto cambia quando alcune persone entrano in casa sua per prelevarlo e un nemico, non meglio identificato, sferra un attacco alla capitale. Nella Tokyo semidistrutta, Ayato incontra Reika Mishima, una ragazza misteriosa con la quale si dirige casualmente in un tempio sotterraneo. Lì scoprono l’esitenza del mistico RahXephon, una divinità arcana che sembra essere in sincronia con Ayato.