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Minato Sahashi è un giovane ragazzo che ha appena fallito l’esame d’accesso al college per la seconda volta, è impacciato con le donne oltre che disoccupato. Così, si rende conto che non può continuare a fare affidamento sulla madre e sulla sorella minore con la vita che sta conducendo. In realtà, Minato è estremamente intelligente, eppure la sua incapacità di farcela sotto pressione consegue nei suoi costanti fallimenti. Come risultato, Minato è stato marchiato da molti come un idiota ed eterno perdente. Un giorno, Minato incontra una ragazza chiamata Musubi, che gli cade addosso letteralmente dal cielo. Questa ragazza non ha un posto dove andare e così Minato inizia a prendersi cura di lei, purtroppo però ci sono delle persone a caccia di questa ragazza ed i due in fuga finiranno per baciarsi creando un legame unico tra i due. Minato infatti scoprirà di far parte di un gruppo di persone chiamato Ashikabi, esseri umani con geni speciali che permettono loro di fiancheggiare una Sekirei. Le Sekirei sono esseri dotati di super poteri liberate dalla misteriosa organizzazione MBI. In forma di belle ragazze dalle forme mozzafiato, le Sekirei combattono in una pericolosa competizione chiamata “Piano Sekirei”. Con l’intera città di Tokyo come campo di battaglia, le Sekirei vanno in cerca di quegli umani destinati a diventare i loro Ashikabi. Minato impara presto che essere il partner di una splendida ragazza non è tutto rose e fiori, specialmente quando scoprirà a sue spese che un Ashikabi può avere a suo fianco più di una Sekirei e sarà allora che inizieranno i veri guai. Ben presto egli si ritrovera non con una ma ben 6 sekirei costretto a ingaggiare moltissime battaglie contro altri Ashikabi. L’obiettivo finale del gioco è sconfiggere tutte le altre Sekirei ed i loro Ashikabi così da riuscire alla fine a coronare l’unico desiderio della Sekirei: riuscire a salire in cielo insieme al proprio Ashikabi.