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Trama Trinity Blood: Quando la popolazione della Terra è aumentata drasticamente, l’umanità tentò di colonizzare Marte. Durante la colonizzazione, furono scoperte due tecnologie aliene: le nanomacchine Bacillus e Crusnik. I coloni installarono il Bacillus nei loro corpi, che li trasformò in Methuselah. Invece installarono il Crusnik negli organismi di quattro bambini concepiti in provetta: Seth, Cain, Abel e Lilith i cui corpi rafforzati erano gli unici in grado di sopravvivere alla procedura.
Quando i coloni tornarono sulla Terra, scoppiò una guerra tra i Methuselah e gli uomini che erano rimasti sulla terra. Abel, Cain e Seth si schierarono dalla parte dei Methuselah mentre Lilith sostenne la fazione dell’uomo. La continua guerra infine portò all’Armageddon, l’evento apocalittico accaduto 900 anni prima dall’inizio della storia. Durante la guerra, Cain impazzì e uccise Lilith. Afflitto dal dolore, Abel prese il suo corpo in Vaticano, dove era stata sepolta, e rimase al suo fianco, piangendo, per 900 anni.
All’inizio della storia, i vampirici Methuselah, essendo ancora una grande forza politica e militare, continuano a fare la guerra contro i “Terran”, come chiamano i normali esseri umani. La Chiesa Cattolica Romana è una grande potenza militare decisa a proteggere gli esseri umani dai Methuselah, con la sua sede di potere situata nel Vaticano. I Methuselah hanno la loro capitale a Bisanzio, che è circondata da un campo di particelle per filtrare i raggi ultravioletti, per proteggere la loro popolazione.
Entrambi i gruppi utilizzano le “tecnologie perdute”, come aeronavi, missili e computer, per intraprendere una guerra fredda l’uno con l’altro. Una terza grande potenza, Albion, svolge un ruolo nella guerra con il suo arsenale superiore di tecnologia perduta, armi e maggiore capacità manifatturiera rispetto al Vaticano. La monarchia indipendente di Albion è un paese essenzialmente umano, ma il segreto della loro esperienza nella tecnologia perduta si trova nel Ghetto, una città sotterranea di schiavi Methuselah. Sono questi Methuselah che gestiscono e realizzano la tecnologia perduta, ma con la morte della regina di Albion, alcuni dei vampiri schiavi hanno iniziato una ribellione per la libertà di tutti i residenti del Ghetto.