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La storia di Uta∽Kata segue le vicissitudini di Ichika Tachibana, l’adolescente protagonista, durante le vacanze estive del suo ultimo anno in Giappone, prima del preventivato trasferimento a Milano, in Italia, a causa degli impegni di lavoro del padre, ingegnere edile. Proprio durante tali vacanze estive, Manatsu Kuroki, un’entità particolare che viveva relegata all’interno di un antico specchio nella scuola frequentata da Ichika, entra a far parte della vita di quest’ultima, stravolgendone la quotidianità.
In particolare, pur di riavere in cambio il suo ciondolo portafortuna, rubatole proprio da tale entità, Ichika si troverà costretta a siglare con Manatsu un patto particolare e si apprende così di come Manatsu si trovi sul piano fisico per portare a termine un non meglio precisato incarico – la cui natura rimarrà sconosciuta fino agli eventi finali – e di come abbia bisogno proprio dell’aiuto e dell’ospitalità di Ichika per poter terminare questa sua missione. Tuttavia, la composizione del ciondolo portafortuna di Ichika sembra in qualche modo essere stata stravolta dal contatto con lo spettro e l’unico modo che Ichika ha per riportare il ciondolo alla sua natura originaria è quello di evocare i 12 Jinn che sono stati legati proprio al ciondolo. Ad ogni evocazione, il portafortuna lentamente torna alla sua natura originaria, di per contro è Ichika a subire dei cambiamenti che snaturano la sua essenza di creatura umana, rendendola sempre più simile a Manatsu. Infatti, ogni qual volta un Jinn viene evocato, Ichika riesce a vedere il mondo attraverso i suoi occhi e questa capacità di vedere oltre la semplice realtà delle cose, oltre ovvero l’immagine riflessa della realtà, causa profondi cambiamenti nella natura tanto fisica quanto psicologica della protagonista. Tali cambiamenti sono testimoniati dallo sguardo di Ichika che acquista al buio una strana luminescenza color cremisi.
Quel che Ichika non sa è che il patto siglato con Manatsu è un rituale che si ripete costantemente negli anni fra i figli dello Jinn dello Specchio e i bambini predestinati dallo stesso spirito per meglio conoscere il mondo e le creature che vi vivono. Infatti, ciclicamente tale entità seleziona dei ragazzi di età compresa fra i 13 ed i 14 anni, ovvero non più bambini ma non ancora adulti, che vengono utilizzati come strumento per comprendere le evoluzioni del mondo e i sentimenti degli umani. Perché ciò avvenga, lo Jinn dello Specchio si serve di entità minori – quali Manatsu e Kai – che hanno lo scopo di guidare i prescelti al confronto finale.