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Trama Black Cat: Train Heartnet faceva parte dell’organizzazione di Kronos che, facendosi garante della pace nel mondo, intende raggiungere i propri obiettivi a qualsiasi costo, anche commettendo gravissimi crimini. I Kronos Numbers sono gli uomini scelti dell’organizzazione, cioè coloro che partecipano attivamente alle missioni in ogni dove (missioni che vanno da semplici ricognizioni ad assassinii veri e propri). Ognuno dei Numbers ha un numero che va dall’1 al 13.
Train, era il numero XIII di Kronos, conosciuto da tutti con il soprannome di “Black Cat”. Tutti i suoi avversari venivano sistematicamente annientati senza alcuna possibilità di scampo. La sua percentuale di sconfitta come “eraser” (letteralmente “cancellatore” cioè un assassino infallibile) era pari allo 0%. Un significativo cambio nella vita del gatto nero arriva quando quest’ultimo conosce Saya, una sweeper (cacciatrice di taglie) che, a poco a poco, dato il suo carattere estremamente gioioso e gentile, riesce a far entrare nel cuore del protagonista un sentimento nuovo mai provato prima: l’affetto. Una delle cose più importante che Saya insegna all’eraser è come non ci sia bisogno di uccidere la propria preda quanto di renderla semplicemente inoffensiva. La vicinanza della donna cambia completamente il freddo carattere di Train che si innamora di lei, attratto sempre più anche dal suo modo di vivere: libera come un gatto randagio..
Il cambiamento del famigerato Black Cat non appare assolutamente positivo per il suo partner Creed, abilissimo spadaccino, che decide di uccidere la donna per riportare il suo amico alle vecchie convinzioni. Il duello tra i due si svolge senza esclusione di colpi e proprio mentre la donna sembra in vantaggio su Creed, questa si distrae perché dei bambini stanno giungendo proprio verso di loro e viene ferita mortalmente da Creed. Stesa a terra con una gravissima emorragia, usa le sue ultime forze per sparare alla spada di Creed mentre quest’ultimo si stava dirigendo verso i bambini per ucciderli. Mentre i bambini scappano via, Creed impugna la lama spezzata e si dirige verso la donna con l’intenzione di darle il colpo di grazia. Sopraggiunge Train che si scaglia contro il partner con la volontà di vendicare Saya, ma sarà proprio quest’ultima a impedire che possa inseguirlo, una volta che Creed era scappato.
Con la morte della ragazza, decide di abbandonare Kronos, spinto anche dai metodi dell’organizzazione non più condivisi dal protagonista. Da gatto randagio, decide di diventare uno sweeper con gli ideali di Saya. Dopo poco tempo conoscerà un altro cacciatore di taglie Sven e farà coppia con lui. Successivamente, conoscerà Rinslet Walker, abilissima ladra e la piccola Eve, bambina creata geneticamente e dotata di un corpo formato da nanomacchine che le permetteranno di trasformare le parti del corpo in qualsiasi cosa desideri. Rinslet è solo un personaggio che comparirà più volte, ma non farà mai parte effettivamente del trio formato da Train, Sven e Eve.
La storia si apre con il ritorno in circolazione di Creed, che sta mettendo su il suo esercito scelto (i fanti del Tao, uomini che sfruttano il Tao per ottenere poteri straordinari), in altre parole gli anti-kronos, dato che intende distruggere la sua ex organizzazione per prendere possesso del mondo e dominarlo in modo da renderlo perfetto. L’unico desiderio che ha è di recuperare Train come partner, per via della sua smisurata adorazione nei confronti del gatto nero. In più occasioni proporrà a Train di unirsi al suo esercito, ma tutte le volte l’offerta verrà rifiutata.