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Anno 2041. Un oggetto sconosciuto compare improvvisamente nel sistema solare. Si tratta di un nemico chiamato Zerabaia. Dovunque passa egli distrugge ogni base di ogni pianeta che attraversa, avendo come rotta finale proprio il pianeta terrestre. Ma, a questa invasione i terrestri si erano già preparati in gran segreto, attendendo prima o poi l’inizio della battaglia. Un uomo chiamato Kurain Sandoman è agli ordini dell’esercito Aasu Garutsu per fronteggiare il nemico. E il loro asso nella manica è il “Gravion”. Un essere umano ha costruito questo Mecha servendosi di altre unità, le quali a loro volta si uniscono formando il robot. Esse sono chiamate GD. Quel giorno, quando Zerabaia ha cominciato il relativo attacco alla terra, un giovane chiamato Eiji, stava cercando sua sorella, ad un tratto sparita. Fuori per cercare altri indizi, si trova ad un certo punto nella base di Sandoman.
Era là, nel capannone, che è venuto in contatto di un altro giovane misterioso. “Era destino che facessi la mia stessa cosa, quindi sapevo che saresti venuto.” Quel ragazzo è tuttavia il pilota principale di “God Gravion”, Touga. Nonostante questo, egli non si cura nemmeno di ciò che la terra sta vivendo in questo momento. Eiji aveva sognato di pilotare uno dei 5 GD. Eiji non lo sa, ma era già stato scelto ancor prima che nascesso come pilota, e quindi fu costretto nella battaglia. Attraversando col suo GD la città, Zerabaia appare con la sua enorme astronave. E così Touga, Luna, Eina, Mijiki che era la sorella di Eiji, il quale rimane stupito di trovarla su un altro GD. Al che, i 5 GD si uniscono e formano il “God Gravion”! Il destino della terra è ora nelle mani di questi 5 giovani.