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La battaglia tra Kurokami Medaka e Myouri Unzen, leader del Comitato della Pubblica Morale, si conclude con la vittoria di Medaka. Tuttavia, questa battaglia inietta solo il preludio di quello che è il misterioso Piano Flask. Hakama Shiranui, presidente dell’Accademia Hakoniwa e direttore del programma del Piano Flask, continua i suoi tentativi nel cercar di manipolare Medaka per promuovere i suoi obiettivi. Al centro dei suoi piani ci sono soprattutto gli studenti della classe 13.