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Myself ; Yourself è ambientato nel 2007 nella città di Sakuranomori (桜乃杜, Sakuranomori?), della prefettura W. Quest’ultima sembra essere modellata a immagine della prefettura Giapponese di Wakayama. La città è in una pacifica zona rurale situata alla punta inferiore della prefettura, confinante con l’Oceano Pacifico. Sakuranomori è la città natale di Sana Hidaka, un ragazzo sedicenne delle superiori, dove è cresciuto insieme ai suoi amici di infanzia Nanaka Yatsushiro, sua cugina Aoi Oribe, il suo miglior amico Syuske Wakatsuki, e la sua sorella gemella Syuri Wakatsuki. Sana lasciò Sakuranomori quando era undicenne, ma tornò dopo cinque anni per vivere per conto suo presso il complesso di appartamenti che veniva gestito dalla famiglia di Aoi. Sana si accorge in fretta che tante cose sono rimaste le stesse, al contempo tante cose sono cambiate. Dopo poco tempo incontra un’altra ragazza della sua età, Asami Hoshino, con cui diventa amico velocemente, ciò nonostante questo crea in Nanaka una forte gelosia tutte le volte che vede Sana assieme ad Asami. Sana viene contemporaneamente a conoscenza della strana usanza della sua insegnante venticinquenne Yuzuki Fujimura di dare caramelle ai suoi studenti come ricompensa. Allo stesso tempo, Syusuke aiuta una ragazzina di dieci anni, Hinako Mochida, che veniva maltrattata da dei suoi coetanei; la ragazzina si innamora immediatamente del ragazzo e cerca di agire più da adulta così che lui possa contraccambiarla.