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Persona Trinity Soul è il sequel di Persona 3 noto gioco sviluppato dalla Atlus appartenente alla serie di Shin Megami Tensei. L’anime è ambientato 10 anni dopo le vicende narrate in Persona 3 e la storia si svolge nella città di Ayanagi, una città situata vicino al Mare del Giappone.
Le forze di polizia della città si trovano ad indagare su misteriosi casi di omicidio e su una strana malattia chiamata Sindrome Apatica. In questo scenario fanno il loro ingresso due fratelli, Shin e Jun Kanzato, fratelli del capo delle forze di polizia Ryou Kanzato. Non appena arrivati in città, Shin, si rende conto che sta succedendo qualcosa di strano che ha a che vedere con i suoi sogni ricorrenti e, a conferma dei suoi dubbi, c’è lo strano atteggiamento del fratello maggiore che sembra nascondere qualche segreto……