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La trama di Strawberry Panic! si incentra sulle vite di alcune ragazze adolescenti che frequentano lo stesso agglomerato scolastico composto dalle tre prestigiose scuole di St. Miator, St. Spica e Lulim. Tutte e tre le scuole sono caratterizzate dal fatto di essere sorte molto vicine le une alle altre e di condividere diverse strutture presso la Collina di Astrea, un luogo lontano dalla vita mondana e in cui le studentesse possono concentrarsi sui propri studi. Fra queste strutture, la più importante è senza dubbio il Dormitorio Ichigo (????, Ichigo Sha?, lit. Strawberry House), dalla caratteristica forma di fragola.

La protagonista vera e propria della storia, comunque, è Nagisa Aoi, una giovane ragazza che si ritrova a frequentare St. Miator a seguito di un trasferimento. Il suo punto di vista guida lo spettatore all’interno del delicato sistema che regna presso le tre scuole ed è proprio attraverso gli occhi di Nagisa che si fa la conoscenza di tutti gli altri personaggi che si muovono presso la Collina di Astrea. Fra questi, senza dubbio i più importanti sono Shizuma, Tamao, Yaya, Hikari, Amane e Chikaru, sebbene molte altre figure ruotino intorno a questo gruppo principale.