Numero episodi: ???

Nella prima stagione della serie animata la trama è molto simile al fumetto seppur con piccoli dettagli incongruenti (anche nel fumetto sono tutte alate ma può volare solo la guardiana dell’aria Hay Lin, qui volano tutte. Nel fumetto la guardiana del fuoco Taranee, molto miope, divenuta guardiana riottiene una vista perfetta e comincerà a portare finti occhiali per non dare nell’occhio mentre nel cartoon permane miope [come nell’episodio che perde gli occhiali ed è costretta a mettere le lenti che si bruciano quando crea fiammelle con gli occhi], nel fumetto Caleb ha dei segni verdi indelebili sul viso simili a muschio, al punto che Cornelia si chiede spesso cosa diranno i suoi parenti di tali segni se lo portasse a casa come fidanzato. Tali segni sono inesistenti nel cartoon al punto che Caleb riuscirà a girare inosservato tra gli umani. L’orchetto amico di Caleb, che lo segue ovunque, è completamente assente nel fumetto ma nel cartoon è spesso protagonista…).
Cinque ragazze scoprono di essere le predestinate di una missione millenaria: difendere l’equilibrio del mondo, diventando le guardiane della muraglia che separa la Terra dal Metamondo. Loro alleate le forze della natura grazie alle quali Will (poteri della quintessenza), Irma (poteri dell’acqua), Taranee (poteri del fuoco), Cornelia (poteri della terra) e Hay Lin (poteri dell’aria) possono trasformarsi in figure magiche: il tutto grazie al cuore di Kandrakar, ciondolo magico custodito da Will, donatele da Yan Lin, che funge da catalizzatore dei loro poteri.
Per sconfiggere Phobos si alleano con il capo dei ribelli Caleb che mostra un certo interesse per Cornelia. Phobos sta cercando sua sorella minore Elyon, che venne salvata da un gruppo di ribelli che la portarono sulla terra e dove è la migliore amica di Cornelia e crede di avere genitori umani e di essere nata ad Heatherfield. Cedric per cercarla, si traveste da libraio in cui, trovata grazie alla stelle a sette punte, gli rivela la sua vera identità ma non dice la verità: fa credere che Phobos sia buono e che i ribelli siano malvagi che sono alleati delle guardiane. Cornelia e Caleb si fidanzano e Will si innamora di Matt Olsen, un ragazzo che scoprirà il loro segreto.
Phobos svela tutto ad Elyon solo un attimo prima della cerimonia dell’incoronazione, mentre le guardiane e i ribelli assalteranno il castello e con l’aiuto di Elyon liberata riusciranno a sconfiggere Phobos e riportare la pace su Meridian.
Seconda stagione
Sconfitto Phobos, c’è ora un altro pericolo: Nerissa, un ex guardiana malvagia offre ad un gruppo di nemici delle guardiane che ora sono imprigionati o braccati, il suo aiuto per cercare la vendetta contro le Witch. I “Cavalieri della vendetta” vorranno distruggere le guardiane ma falliscono nel loro intento e di nuovo imprigionati. Le guardiane giungono a Kandrakar e nel tempio della congrega, dove l’Oracolo dismette la muraglia poiché ora il bene è tornato su Meridian e non ce n’è più bisogno così che i poteri delle guardiane si amplificano notevolmente con l’energia della muraglia.
Finito il pericolo dei Cavalieri della Vendetta, Nerissa con l’aiuto di alcune guardie tra cui Shaggon che si scopre essere nel corpo di Matt e diventa servo di Nerissa finché Matt non lo sconfigge e quando diventa Matt si allea con le guardiane, vuole conquistare tutto l’universo. Per farlo inganna Elyon che gli dona mascherata da serva qualunque il cuore di Meridian che assorbe tutti i suoi poteri e così prende i cuori di altri mondi e a volte le W.i.t.c.h. la sconfiggono. Riunisce le ex guardiane: Cassidy che era morta a causa sua, ora fantasma, Kadma, Halinor e anche Yan Lin la nonna di Hay Lin. Phobos sconfigge Nerissa che viene intrappolata nel cuore di Meridian assieme alle ex guardiane (ora buone e non più manichini) ed Elyon. Ma Phobos viene tradito da Cedric che lo ingoia, e così diventa gigante e vuole conquistare la Terra. Le guardiane lo sconfiggono, Nerissa viene intrappolata nel cuore di Meridian, Elyon ritorna finalmente sul trono e le guardiane tornano ad una vita normale.