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Kimihiro Watanuki è un ragazzo perseguitato da mostri (??, yokai?) e spiriti soprannaturali, attratti misteriosamente da lui. Le creature sono invisibili agli occhi di tutti tranne che ai suoi, cosa che costituisce un ulteriore peso da sopportare per il ragazzo. Quando per caso incappa in un negozio in grado di realizzare i desideri, la sua vita cambia radicalmente. Dentro al negozio incontra la bella Yuko Ichihara, una strega dai molti nomi e con una certa fama nel mondo del soprannaturale. La donna va subito al sodo: per esaudire il desiderio di Watanuki di liberarsi della sua capacità di vedere gli spiriti, un prezzo equo deve essere pagato. Yuko scopre che il ragazzo è un grande lavoratore molto abile nei lavori manuali, e alla fine Watanuki si ritroverà a pulire la casa e svolgere strani compiti per la strega fino a che non avrà lavorato abbastanza perché i suoi desideri vengano avverati.
Dopo aver cominciato il suo nuovo lavoro, nuovi personaggi verranno coinvolti sempre più spesso nella vita di Watanuki, inclusi la ragazza per cui ha una cotta, Himawari Kunogi, e il suo “rivale”, Shizuka Domeki. Il trio diventerà sempre più unito, nonostante le frequenti sfuriate di Watanuki contro Domeki.
Un altro dei temi ricorrenti nel manga è la ragione della crescita e del cambiamento di Watanuki, identificata nel suo incontro con una persona. Secondo il parere di un’indovina presentata nel secondo volume, la persona in questione è Yuko. Tuttavia, viene fatto intuire che il ragazzo è anche legato profondamente a Domeki e che tutti i loro rapporti sono predestinati.
Le CLAMP hanno affermato che Tsubasa RESERVoir CHRoNiCLE e xxxHOLiC funzioneranno da punto di congiunzione di tutto le loro storie, restando comunque opere individuali.